Vakcinacija može izazvati neželjene reakcije kod djeteta, bilo zbog same prirode vakcine, zbog od ranije postojeće bolesti vakcinisanog, te zbog pogreške pri upotrebi vakcine.
Međutim, nuspojave vakcinacije su blaže i rjeđe se javljaju nego komplikacije bolesti protiv kojih se vakciniše. Prema tome, nizak rizik nuspojava se ne može uspoređivati s visokim rizikom komplikacija i smrtnosti od bolesti protiv kojih se djeca vakcinišu po programu obveznih vakcinacija.
Nuspojave vakcinacije možemo prema težini tegoba podijeliti na blage i teške, a prema lokalizaciji simptoma na opće i lokalne.
U blage lokalne simptome najčešće spada pojavnost blago izraženog otoka na mjestu primjene vakcine, zatim bolna osjetljivost, povećanje lokalnih limfnih čvorova, lokalno okruglasto otvrdnuće koje se palpira oko jedan mjesec (kod BCG).
Blage lokalne nuspojave najčešće su odraz reakcije na aluminijev sulfat npr. kod cjepiva T, DT, DTP
Blagi opći simptomi su; umjereno povećana tjelesna temparatura, osjećaj slabosti, glavobolje, osipa i povećanja pljuvačnih žlijezda(kod MPR cjepiva), mijalgije i artralgije (kod MPR i Infl).
Teški lokalni simptomi su apsces na mjestu injiciranja (BCG), apscedirajući limfadenitis (BCG), bolan otok na većem djelu tijela na kojem je vakcina injicirano.
Teški opći simptomi- izuzetno rijetki; tu spadaju anafilaktička reakcija, poremećaji svijesti, kolaps, konvulzije, produžen vriskav plač, cerebralna ataksija, bulbarna paraliza, meningoencefalitis, encefalitis, encefalopatija.
Lokalne i opće nuspojave vakcinacije mogu nastupiti zasebno ili se pojaviti zajedno. Teške nuspojave su izuzetno rijetke, tj. neusporedivo rjeđe od opasnosti od komplikacija bolesti, ako se ne cijepi i oboli.