Pukovnik Avdo Palić je zarobljen i ubijen nakon pada Žepe 1995. godine a njegovi posmrtni ostaci ekshumirani su iz masovne grobnice u novembru 2001. godine ali nisu bili identificirani do avgusta 2009. godine.
Na pregovorima o evakuaciji civila iz tzv. zaštićene zone Žepa, 27. jula 1995. godine, u ukrajinskom kampu UNPROFOR-a na Bokšanici kod Žepe, zajedno s Palićem, kukavički su zarobljeni i Mehmed Hajrić i Amir Imamović, članovi ratnog Predsjedništva Žepe. Njihova tijela ranije su identificirana i ukopana u haremu Ali-pašine džamije u Sarajevu.
Zarobljen je 27. jula 1995. godine, kada je išao na pregovore sa Ratkom Mladićem kako bi ženama, starcima, djeci, bolesnim i ranjenim obezbijedio siguran izlazak iz enklave Žepa koja je trebala biti zaštićena zona UN-a.
- Ja sam dužan pregovarati s zločincima sve dok ijedno dijete u Žepi može biti spašeno - posljednje su Avdine riječi pred odlazak na pregovore s kojih se nikada nije vratio.
Zarobio ga je pomoćnik načelnika za bezbjednost i obavještajni rad Generalštaba VRS Zdravko Tolimir i doveo na komandno mjesto kod ratnog zločinca Ratka Mladića. Petnaest dana proveo je u Rogatici, gdje ga je ispitivao načelnik bezbjednosti Generalštaba Ljubomir Beara, a nakon toga prebačen je u garnizonski vojni zatvor Vanekov mlin u Bijeljini. U noći 5. na 6. septembar 1995. godine izveo ga je Mladićev lični pratilac Dragomir Pećanac i od tada mu se gubi svaki trag. Smatra se da je te noći mučki ubijen.
Gdje je tačno ubijen Avdo Palić nije poznato. Prema nalazima obdukcije zaključeno je kako je najvjerovatnije ubijen pucnjem u glavu. Njegovi posmrtni ostaci ekshumirani su iz masovne grobnice u novembru 2001. godine, ali nisu bili identificirani do augusta 2009. godine.
U haškoj presudi generalu Vojske RS Zdravku Tolimiru, koji je osuđen na doživotnu kaznu zatvora, kao zločin genocida okvalifikovano je i ubistvo pukovnika Avde Palića, te članova Ratnog predsjedništva Žepe Mehmeda Hajrića i Amira Imamovića, nakon evakuacije bošnjačkog stanovništva iz Žepe.
