Celijakija se može pojaviti i u atipičnom obliku kao: nijema „silant“ celijakija, latentna, prikrivena forma i neprepoznata forma celijaklije s netipičnim znacima: anemija, osteoporoza, problemima probavnog trakta, napinjanje u trbuhu.
Manjak željeza
Pri ovom obliku celijakije crijevni simptomi mogu biti odsutni. Karakteriziraju ga nejasni proljevi, slab rast u djetinjstvu, moguće smirivanje simptoma tokom puberteta i adolescencije te ponovno pojavljivanje u odrasloj dobi. Češće su vancrijevne manifestacije: anemija, manjak željeza, osteoporoza, nizak rast i zaostajanje u rastu, zakašnjela fertilnost, rana menopauza, neplodnost, neurološki problemi...
Nutritivni deficiti prisutni su kao i u manifestnoj formi, ovisno o stepenu oštećenja crijevne sluznice i stepenu malapsorpcije.
Dijagnoza glutaminske anteropatije-celijakije mora se rano postaviti da bi se prekinuo slijed oštećenja apsorptivne površine sluznice crijeva. U SAD je celijakija rijetko oboljenje jer se genetske analize rade u najranijoj dječijoj dobi, nakon čega se adekvatno postupa s njom.
Tegobe koje bolesnik opisuje, porodična anamenza s nasljednim bolestima te klinički pregled bolesnika upućuju stručnjaka na celijakiju. Prvi sljedeći potez je genetski nalaz: HLA DQ 2.5 i HLA DQ 8 genotipa, čiji je nalaz 100 posto visoko specifičan za celijakiju. Genetski nalaz promijenjenog HLA DG 2.5 i HLA DQ 8 genotipa, uz gluten, dovest će do manifestacije celijakije u bilo kojem obliku.
Nakon toga treba uraditi procjenu ekstenziteta oboljenja u stadiju postavljanja dijagnoze: gornjom i donjom endoskopijom verificiraju se makroskopski vidljiva oštećenja sluznice crijeva, s patološkim nalazom biopsije. Potom slijede nalazi antiglijadinskih antitijela koja nisu strogo specifična samo za celijakiju.